EISEP vodi predsednica Andrijana Bergant, ki organizira in vodi delo zavoda, ga predstavlja navzven in tudi odgovarja za zakonitost dela zavoda.

Svet zavoda EISEP je kolegijski organ, ki ga sestavljata ustanoviteljici in predstavniki zainteresirane javnosti. Nadzira delo EISEP in opravlja druge naloge v skladu z Zakonom o zavodih ter Pogodbo o ustanovitvi EISEP.